如何上手GROMACS进行分子动力学模拟？

北鲲云超算平台是前段时间小伙伴安利的，经过一段时间测试，效果还不错。 只需要一台上网本就可以在短时间内完成动力学模拟所有内容，而且还预装了Gromacs在内的超多行业软件，实现了开箱即用，非常的灵活便捷。 打开北鲲云超算平台，注册登录后在/home/cloudam/jobs下新建文件夹Lysozyme，将准备好的protein.pdb文件直接拖拽到该文件中，即可完成上传。 今天，将为大家介绍如何在北鲲云超算平台上快速完成动力学模拟计算，模拟溶菌酶（lysozyme）在水相中的结构变化。 随着中国科研的发展，有限的超算中心和自建计算集群的方式已无法满足超算用户计算业务和创新的需要，特别对降低超算总体拥有成本，无需排队获取资源，弹性规模，软件开箱即用和安全运维等核心需求，云上超算是唯一解决之道。 ANAL SEX PORN 结果如下所示，温度基本保持在300K，如果波动太厉害可以考虑增加nstes步数来进一步获取平衡体系。 -p为选择的PARTITION，这里使用的是V100卡（g-v100-1）。
溶菌酶又称胞壁质酶或N-乙酰胞壁质聚糖水解酶，是一种能水解细菌中黏多糖的碱性酶。 溶菌酶还可与带负电荷的病毒蛋白直接结合，与DNA、RNA、脱辅基蛋白形成复合体，使病毒失活。 利用Chimera的MD movie工具或者其他可视化软件对动力学模拟成品进行动画展示，模拟部分结果如下所示，绿色原子表示添加的离子。 以上就是本次教程的所有内容，而所有操作只需要可以登录北鲲云超算平台在线操作即可，无需自己配备高性能的计算机，和为繁琐的工具安装浪费时间了。 除了命令行，北鲲云还有可视化和图形界面作业提交方式。 可视化无需代码，比较适合无计算机专业背景的同学，图形界面适合于单节点小规模计算任务。 这两种作业提交方式大家就自行体验吧（北鲲云针对新用户有赠送200元体验金的活动，大家可以关注一下）。